Molekulare Tests können nachweisen, ob Zellen mit Humanen Papillomviren infiziert sind. Die Tests weisen das Erbgut (DNA) der Viren oder deren Aktivität (RNA) nach. Die molekularen Verfahren identifizieren einen Befall mit Papillomviren sehr zuverlässig. Fällt der Test auf HPV positiv aus bedeutet dies, dass zum Zeitpunkt der Untersuchung eine Infektion mit Humanen Papillomviren besteht. EIne Aussage darüber, ob es sich um eine vorübergehende (und damit harmlose) oder um eine anhaltend bestehende (und damit unter Umständen bedenklichere) Infektion handelt, lässt ein einmaliger Test nicht zu. Er muss deshalb in der Regel nach 12-18 Monaten wiederholt werden. Ein positiver HPV-Test sagt auch nichts darüber aus, ob eine Vorstufe oder Krebs vorliegen - er weist lediglich die Virus-Infektion nach.

Der dafür benötigte Abstrich muss in dem betroffenen Haut- bzw Schleimhautareal genommen werden. Meist wird er bei Frauen mit Verdacht auf Gebärmutterhalskrebs entnommen, worauf sich die weiteren Informationen auch größtenteils beziehen. Bei Männern ist ein solcher Test sinnvoll, wenn der Partner eine durch HPV-ausgelöste Erkrankung hat – jedoch immer in Kombination mit einer körperlichen Untersuchung und gegebenenfalls Zellabstrichuntersuchungen aus der Genital- und Afterregion – oder in der Tumordiagnostik.